醫用外科口罩是醫用口罩中等級最高、防護能力最強的口罩，滅菌醫用外科口罩和非滅菌醫用外科口罩主要的區別在于，滅菌醫用外科口罩經過了環氧乙烷滅菌，非滅菌醫用外科口罩沒有經過環氧乙烷滅菌。環氧乙烷對人體有毒，滅菌后的醫用外科口罩通常要放置14天以上，環氧乙烷解析后才可以在臨床應用。由于口罩經過滅菌，滅菌醫用外科口罩可以用在任何臨床手術和介入操作的過程中。非滅菌醫用外科口罩沒有經過滅菌，雖然它防病毒、細菌、0.5μm顆粒的能力以及防體液的濺飛能力和滅菌醫用外科口罩相等，但由于沒有經過環氧乙烷滅菌，非滅菌醫用外科口罩不可以在臨床手術和介入操作中使用，但在非手術、非介入的臨床工作中，非滅菌醫用外科口罩防御病毒、細菌、顆粒，防液體飛濺的能力比一般的醫用口罩要好。滅菌醫用外科口罩要經過環氧乙烷滅菌，因此它的生產周期要比非滅菌醫用外科口罩長。