牙根疼一般是牙根發炎，通常稱根尖周炎，包括急性根尖炎和慢性根尖周炎，可以選擇以下幾種藥物治療：1、抗厭氧菌藥物：一般首選具有抗厭氧菌作用的藥物，如硝基咪唑類的藥物，包括甲硝唑、替硝唑、奧硝唑；2、廣譜抗生素：對牙周、牙根的細菌也比較敏感，如克林霉素、四環素、羅紅霉素類的藥物；3、其他：甚至可以在硝基咪唑類抗生素的基礎上，聯用廣譜抗生素，如頭孢類或青霉素類的藥物，可以和甲硝唑、替硝唑類的藥物聯合應用。但是局部用藥僅對牙周的炎癥有用，對根尖周炎的治療效果不是特別明顯。如果出現根尖周炎，建議最好不要只靠藥物解決，因為根尖周炎通常需要去掉牙齒的腐質，然后做根管治療。做完根管治療后補牙，如果缺損較大，可能需要做冠，甚至做樁冠解決問題。