牙根發炎稱為根尖周炎，是由于沒能有效控制牙體牙髓疾病而進一步播散引發的疾病，最主要的治療方式是做徹底的牙髓治療。牙髓不能單純依靠藥物治療，藥物只是對癥治療并不是針對病因的根治性治療。 牙根發炎主要的治療方式是進行根管治療，將已經出現細菌感染的牙髓組織徹底清除，然后再預備根管，通過填充材料充填好，可能還需要配合抗生素治療。雖然病因在根管內，但是出現了根尖炎癥，說明有一部分炎癥已經在根管之外，因此要配合抗生素使用。逆行性根尖炎常由于牙周組織炎癥導致，因此也要配合牙周系統性根治性治療，才可以得到有效的治療。牙齒根尖發炎，藥物只是臨時的對癥處理，并不是治療方式，通常選擇廣譜抗菌素以及甲硝唑等對抗厭氧菌感染的藥物進行臨時處理。