治療腦血栓的藥物有很多種，需要長期使用，常見的有：1、抗血小板或抗凝藥物：抗血小板藥物如阿司匹林、氯吡格雷、替格瑞洛或西洛他唑等；某些腦栓塞所致的腦血管意外，可能來自于房顫，隨著心房栓子脫落導致的則需此類藥物治療，經典藥物有華法林，口服的第二代抗凝藥有利伐沙班、達比加群；2、降脂藥：選用合適自己情況的他汀類藥物，把低密度脂蛋白降到1.8mmol/L以下，或原來水平的50%以下；3、其他藥物：伴有高血壓病、糖尿病、高同型半胱氨酸血癥的患者需相應控制血壓、控制血糖，或使用葉酸、甲鈷胺和維生素B6進行聯合治療。