肛瘺目前沒有藥物可以治療，有效手段是手術。肛瘺內口位于肛竇，直腸內的污染物、糞便、氣體從內口進入管腔以后由外口流出，但是瘺管位于肛門括約肌之間。肛門括約肌的反復收縮舒張，對瘺管產生一定壓迫，影響膿液排出，容易引起急性感染。 膿液排除以后，管腔會形成慢性肉芽性管道，藥物很難達到局部發揮作用，所以目前沒有藥物可以治療肛瘺，而且肛瘺長期、反復、炎性刺激，會發生急性感染，形成高位復雜肛瘺，增加手術難度和對肛門功能損傷，所以肛瘺還是建議手術。