陰莖癌的鑒別診斷是與陰莖其它類型的良性腫物進行鑒別。有一類性傳播疾病，比如尖銳濕疣也好發在龜頭、冠狀溝的位置，其生長方式可能與菌傘樣的陰莖癌類似。但具體是哪種情況，可能還是需要到醫院，找醫生就診進行鑒別。而且最關鍵的是要取活檢，用病理金標準來進行鑒別。患者不要因為有過不潔性生活史，或有過尖銳濕疣史以及其它疾病史，就將陰莖腫物主觀認為成其他疾病，而忽略陰莖癌的可能，造成延誤診斷。所以要到醫院來進行專業化的診斷。