小孩的陰莖太小，通常要針對病因進行治療。引起兒童小陰莖的原因，要注意鑒別。具體如下：1、肥胖：如果小孩肥胖，會導致隱匿性陰莖，陰莖會藏在脂肪內，會顯示陰莖偏小，通常通過減肥以后就能夠改善；2、下丘腦和垂體疾病：注意是否為下丘腦和垂體有疾病，下丘腦和垂體的疾病，通常會導致分泌的促性腺激素發育分泌異常，導致陰莖短小，要針對下丘腦和垂體的疾病來進行治療；3、睪丸發育不全：如果小孩的睪丸存在著發育不全，會引起雄性激素分泌減少，也會導致陰莖過小，也要針對性的給予、應用雄性激素進行治療。大多數引起小陰莖的原因，是由上面因素引起的；4、染色體問題：部分小孩是由于染色體或者基因問題導致，常常要完善小孩的染色體檢查來確診，所以這種小孩應當及時到內分泌科就診。要給小孩完善相關的性腺激素水平測定，必要時可以用促性腺激素釋放激素等實驗來進行測定，小孩到底是哪一方面的問題，還可以做垂體和下丘腦核磁共振，做小孩睪丸彩超等來明確，必要時要做染色體檢查來明確。可以給小孩應用性腺激素和促性腺激素釋放的辦法，來促進陰莖長大。如果對于藥物治療效果不好，還可以進行手術治療。只有經過適當治療以后，才不影響小孩將來的性功能，不影響小孩的生育能力。