5歲的孩子陰莖太小，要明確診斷，看孩子的陰莖是真的小，還是假的小，具體分析如下：1、真的小：就是孩子的陰莖發育不良，是小陰莖即陰莖體發育不良，此部分孩子同時可能伴隨有睪丸的發育不良。出現此種情況以后，可以用手去觸摸孩子陰莖體，會發現陰莖體非常纖細，睪丸質地較軟、比較小，發育不良。此時可以做彩超進行檢查，有必要可以查孩子的雄激素，做頭顱、垂體的磁共振，看孩子的垂體是否有問題、激素分泌是否有異常，可能還需要讓小兒內分泌科醫生進行處理；2、假的?。壕褪呛⒆雨幥o的外觀像螺絲一樣，或者是針尖一樣。但是用手去觸摸孩子陰莖體，發現孩子陰莖體發育還行，同時睪丸發育也正常，陰莖體只不過大部分埋藏于皮下，此類疾病就是典型的隱形陰莖表現。此種孩子可能需要進行手術矯正，因為孩子大了以后，陰莖短小可能影響孩子的心理，造成自卑。所以手術年齡一般放到3-6歲，通過手術充分游離陰莖體周圍束縛的筋膜，將陰莖體從恥骨前方充分游離出來，然后可以同時做包皮口成型，給陰莖根部做固定，則顯得陰莖恢復正常。并不影響以后孩子的正常發育，孩子心理上的自卑情緒得以矯正。所以5歲的孩子陰莖小，要看是真的小，還是假的小。根據不同的診斷，進行處理和治療。