鼻內窺鏡檢查在進行操作前需進行鼻腔的表面麻醉，表面麻醉后，對于較表淺的腔，如上頜竇，多數患者可進行簡單的檢查。但進行鼻內鏡檢查的患者往往會有較嚴重的鼻竇炎，且黏膜肥厚，竇口可能阻塞，若需對各個竇進行檢查或處理，應進行全身麻醉。 因為單憑靜脈麻醉無法進行竇口開放、黏膜切除等操作，因此經常內窺鏡檢查與手術操作同時進行。此外，即使進行全身麻醉，也會在手術開始前使用局麻藥，使鼻腔黏膜麻醉和收縮，以減少手術出血及術后疼痛。