鼻內窺鏡手術并發癥包括出血、眼部并發癥、顱內并發癥、術腔粘連和鼻竇口閉鎖等。由于鼻竇比鄰眼眶、前顱窩、篩前篩后動脈和頸內動脈，一旦存在解剖變異或者手術醫師解剖結構不熟悉，則容易造成損傷。眼部并發癥包括眼眶內血腫、鼻淚管損傷、眼內肌損傷、視神經損傷等，顱內并發癥包括腦脊液鼻漏、顱內血腫、顱內感染、腦實質損傷等。術腔粘連和竇口閉鎖是因為圍手術期治療和護理不到位所致，而嚴重鼻竇炎、鼻息肉由于術中黏膜損傷嚴重、竇口開放不徹底所致。所以為了有效避免術中術后并發癥出現，需要醫患雙方密切配合共同努力，鼻內鏡手術醫師需要進行規范化培訓，主要包括解剖培訓、手術操作技術培訓和治療理念培訓，而對患者要求是要嚴格遵守術前、術后隨訪和持續性治療要求，保證術腔黏膜順利上皮化。