口腔囊腫應盡早切除，雖然囊腫不是腫瘤，但是它的特征與良性腫瘤相近，屬于膨脹性生長，所以應早期發現、早期治療。口腔囊腫的治療以手術切除為主，分泌唾液的黏液腺由于堵塞或者外傷破潰，造成局部囊腫，通過手術切除即可。頜骨內也可發生囊腫，比如常見的根尖囊腫，患者可以進行根管治療，也可以通過搜刮術取出囊腫。含牙囊腫等較大的頜骨囊腫需要盡早手術切除，避免鄰近骨折被吸收，從而發生病理性骨折。