男孩尿道下裂的癥狀通常為尿道開口位置異常，尿道開口不在正常的龜頭正中央，開口位置可能偏后。少數病例中，尿道會開口于會陰部。在臨床上存在孩子尿道口在會陰部位的病例，屬于重度尿道下裂的表現。此外，孩子可能存在陰莖體下彎，即在勃起的情況下，陰莖如香蕉樣呈弧形，無法達到正常排尿水平。孩子出現尿道下裂可能與激素水平偏低有關，多數病例中陰莖體發育較差且陰莖短小。