胚胎發育不好，最重要的原因是胚胎自身因素，此外可能與合并內外科疾病、接觸毒物等有關，具體如下：1、胚胎自身因素：由于胚胎染色體和基因的異常，早孕期間胚胎發育不良，出現胚胎停止發育，甚至發生流產、先兆流產等，占60%-70%；2、內外科疾病：由于孕婦合并內外科疾病，如妊娠期高血壓、妊娠期糖尿病、甲亢、甲減、自身免疫疾病等，甚至合并有發熱、上呼吸道感染等急性疾病，可出現胚胎發育欠佳或胚胎發育停止等異常現象；3、其它因素：如果妊娠階段接觸有毒藥物，如導致流產、胎兒畸形的藥物，甚至接觸有毒的致畸因子，如放射線等，都可能導致胚胎發育不好。