自身免疫性肝炎是由于自身免疫反應引起，這種自身免疫反應實際是自身免疫功能紊亂所造成的自身抗體對自身肝細胞破壞，所以治療要用到免疫抑制劑和激素。自身免疫性肝炎在急性期，最常用的治療是強的松，每天40-60mg，持續應用10天時間，如果要肝功能有好轉，10天以后將強的松減到30mg每天，同時加用硫唑嘌呤，硫唑嘌呤是一種免疫抑制劑，長期應用硫唑嘌呤要監測血常規和骨髓造血功能，所以吃硫唑嘌呤的病人常規在吃藥以前做骨髓穿刺。硫唑嘌呤和激素應用每10天強的松減10mg，硫唑嘌呤加30-40mg，最合適的一個治療方法就是強的松10-20mg，硫唑嘌呤100mg，這樣既減少激素應用，又避免硫唑嘌呤免疫抑制副作用，所以要長期維持，有的病人要維持3-5年，一直到肝臟病理正常為止。