長期扁桃體發炎可以影響下呼吸道，可以引起支氣管炎、肺炎。上、下呼吸道相交通，如果扁桃體長期發炎，炎癥成分可以順著黏膜、下咽，到達氣管、支氣管以及肺。而且長期慢性的扁桃體發炎，如果是β-溶血性鏈球菌引起，一定要引起重視，可能會引起心肌炎、風濕性心臟病、類風濕關節炎、急性腎小球腎炎以及各種皮膚病，如牛皮癬等。因為β-溶血性鏈球菌，可以在血管內形成同型的抗體，抗原抗體的沉積物可以沉積在心內膜、腎臟、皮膚的結蹄組織內，從而引發相應的病癥。所以如果扁桃體長期反復的發炎，單年發作超過7次、連續2年發作每年超過5次、連續3年發作每年超過3次，尤其是在查血以后，出現抗鏈球菌溶血素O的明顯升高，建議要盡快行扁桃體切除術。