臨床上很少用阿莫西林來治療梅毒，阿莫西林對梅毒的治療效果無法確定，很多時候治療效果并不理想。雖然阿莫西林也是屬于半合成類青霉素，屬于青霉素大家族的一員，但阿莫西林的抗菌活性主要針對的是革蘭氏陽性球菌和一些陰性菌，包括陰性的桿菌和陰性的球菌，而對螺旋體的治療效果無法確定。梅毒的病原體是梅毒螺旋體，叫蒼白密螺旋體，梅毒螺旋體主要敏感的抗生素是長效的青霉素如芐星青霉素和水劑青霉素。如果是普通的梅毒，沒有中樞神經系統感染的梅毒，選擇長效的芐星青霉素治療。而如果是存在著中樞神經系統的感染，就選擇用水劑的青霉素進行治療。所以總而言之，阿莫西林不建議用于治療梅毒感染，如果是存在梅毒感染，還是建議到醫院由專業的醫生進行判斷。對于非中樞神經系統的梅毒感染，選擇使用芐星青霉素，而對于中樞神經系統的梅毒感染，則選擇使用水劑青霉素的治療，不推薦使用阿莫西林來治療梅毒。