治療胃息肉的最佳方法，是內鏡下進行切除。目前胃息肉的治療方面，藥物治療的效果較差，通常通過切除的方法進行治療，包括內鏡下切除和外科切除。但外科切除基本不做考慮，因為即使是較大的胃息肉，多數也能在內鏡下進行切除，除非部分合并癌變的息肉，可能需要進行手術切除。胃息肉多為增生性息肉和胃底性息肉，此類息肉的癌變率較低，通常無需進行處理，可以暫時隨訪、觀察。如果其明顯增大，或合并癌變時，才需進行內鏡下治療。此外部分幽門螺桿菌患者，會合并增生性息肉。對于此類患者，可通過根除幽門螺桿菌的方法進行治療，通常息肉可以消退。