拉肚子即腹瀉。行腸鏡后出現腹瀉，一方面是直接的、短期內發生的原因，即洗腸液還有小部分在腸道內繼續刺激腸道，可能行腸鏡后短期1-2天有些許排水樣瀉，類似于腹瀉。另一方面是洗腸進行腸道準備時，需要用到洗腸液，會短暫擾動腸腔環境，使得菌群比例和穩定度受到一定擾動。可能在短期內2-4周，會有腹瀉間斷發作，或大便稀、不成形，以及大便次數增多的可能。如果擾動得不重，短期后會自行修復。但也有部分患者在行腸鏡前，便有腸道易激惹綜合征或腸道環境不穩定。已有菌群比例不協調的情況下，在洗腸時可能會根本逆轉腸道環境，便有可能會一直腹瀉，此時可能需要一定的藥物干預將其逆轉。所以行腸鏡后腹瀉，多數正常，也有少部分是因為腸鏡是有創檢查，腸道內有糞便和菌，可能取活檢或者創面，部分腸道菌群移位，會導致腸道繼發感染或感染加重，此時也可能出現腹瀉。