CT的檢查可以查出腸道疾病。腹腔中除小腸外，還有大腸，通常小腸疾病總的發病率較低，大腸由于參與消化、吸收，主要是儲存大便的部位，實際發生結腸息肉、結腸腫瘤，包括消化道出血、炎癥性疾病等的發病率要高于小腸。從發病率的角度來講，如果認為出現腸道問題，檢查應該以結腸鏡為主。但是對于結腸的晚期疾病，或者腫瘤體積較大，進行CT檢查也可以發現腫瘤，所以，CT也能夠篩查大腸的中晚期疾病。如果腫瘤屬于早期、體積不大，進行CT檢查未必能夠發現病變。另外，結腸鏡只能檢查大部分的結直腸以及小部分的回腸末段，大部分的小腸無法檢查。通過病人癥狀或者現有檢查，如果判斷病人出現小腸的疾病可能性大，這時需進行CT檢查，協助判斷小腸是否存在疾病發生。