一般CT對所有的器質性疾病都可以進行檢查，尤其是對密度差異大的器質性、占位性病變可做出定性診斷。如腦部的疾病，其中對腫瘤、出血、梗死等病變檢查效果好。胸部的疾病由于肺內含氣，不管是炎癥還是腫瘤，和含氣的肺組織的對比特別明顯，檢查效果好。也可對縱隔疾病，周圍大血管、脂肪以外的病變診斷。對于腹部實質臟器，比如肝、膽、胰、脾、腎的腫瘤、結石，都可以做出明確診斷。但CT對子宮或前列腺顯示效果差，但可以從大體形態的改變預估疾病，再做進一步檢查。 CT對彌漫性病變，尤其是對神經系統變性疾病的診斷效果差。對于胃腸道的病變，由于胃腸道空虛，胃壁也比較薄，顯示效果不如胃鏡，但可以通過CT，了解腫瘤侵犯范圍以及有沒有遠處轉移。總之，CT的檢查效果較好。CT對大血管的病變，比如冠狀動脈、主動脈、下肢的血管，通過增強掃描、三維重建，可以表現出類似于血管造影的表現，檢查效果較好。