胸腺瘤不能簡單的分良性還是惡性，臨床醫生會根據分期、病理分型，從這兩個維度總體把握胸腺腫瘤良惡性程度，具體分期根據胸腺瘤的生物學行為來區分。根據胸腺瘤組織細胞成分不同，又將其分為A型胸腺瘤、B型胸腺瘤和C型胸腺瘤，還有AB型胸腺瘤。A型胸腺瘤和AB型胸腺瘤傾向于良性，B型和C型胸腺瘤有不同程度的惡性潛能。B型胸腺瘤開始有惡性細胞，到C型胸腺瘤完全是胸腺癌。 如果其對周圍組織有侵犯或者包膜不完整，對包膜有侵犯，根據侵犯程度的不同和胸腔里有無淋巴結轉移、有無胸腔積液等情況，給予不同臨床分期。