乙肝小三陽和肝囊腫是兩個不同的疾病，雖然有的病人可能是同時患有乙肝小三陽或者是肝囊腫，但這兩個疾病之間不一定相互作用。乙肝小三陽甚至乙肝病毒，在肝臟里不停復制，損傷肝臟的功能。肝囊腫是一種先天性疾病，肝臟里面有比較大的水泡，水泡隨著時間的延長，可能會逐漸增大，但是肝囊腫不會癌變，即使有乙肝病毒作用，肝囊腫囊壁上的細胞，一般也不會癌變。但是乙肝小三陽的患者里面的乙肝病毒，可能會刺激正常的肝臟細胞，肝臟細胞被破壞以后，反復地增生，最終可能相應的基因發生改變，造成肝細胞肝癌，和肝囊腫不一定相關。所以，有乙肝小三陽的病人，可能會發生肝細胞肝癌，但是肝細胞肝癌和肝囊腫是兩碼事，是兩個疾病。一般來說，肝細胞肝癌是實性的疾病，是局部實性的腫塊。肝囊腫中間有比較清亮的分泌的液體囊泡，是液性或囊腫性的疾病，這兩個疾病完全不同。所以如果有乙肝小三陽的患者，發現了肝囊腫，不用特別擔心，但是要相應地對乙肝病毒進行監測和治療，防止乙肝病毒損傷肝臟而將來發生肝臟腫瘤。