膝關節囊腫范圍較廣，最常見的是腘窩囊腫，囊腫如果影響到膝關節功能活動，甚至引起癥狀，可以做局部囊腫切除，關閉形成囊口的裂口，消除囊腫的可能性。如果是膝關節周圍，比如滑囊，鵝足滑囊或髕前形成囊腫，如果影響膝關節功能，可以做局部切除。如果不影響，可以通過休息、穿刺、注射消除囊腫。 如果以上治療方法都不見效時，針對比較大的囊腫，影響關節功能和美觀的囊腫，可以給病人做切除。不同部位的膝關節囊腫采取的措施可能不同，若是腘窩囊腫形成嚴重骨性關節炎，建議病人做人工全膝關節置換，同時去除囊腫，這樣可以使病情得到很好的治療。