疼痛為腫瘤常常伴發的癥狀，鼻咽癌有無疼痛與分期的早晚有明確相關性。較多鼻咽癌患者會伴有鼻竇炎，而鼻竇炎本身會出現枕部的疼痛；對于偏晚期的鼻咽癌，腫瘤會向周圍生長。如果鼻咽癌累及到顱底的骨質，則會出現疼痛；如果再往上生長累及到硬腦膜，患者也會有明顯的疼痛。 如果疼痛與腫瘤有明確相關性，說明患者鼻咽癌的分期偏晚，醫生的治療力度會更強。對于出現頸部淋巴結轉移的患者，鼻咽癌伴發的淋巴結轉移多數為無痛性包塊。但如果腫瘤發生全身性播散，尤其累及到全身性的骨頭，即發生骨轉移，患者往往會出現顯著性疼痛。