大部分子宮內膜異位癥的手術效果良好。如果診斷為子宮內膜異位癥，患者無特殊情況時建議積極進行手術治療。手術目的為明確是否屬于真正的子宮內膜異位癥，以及剝除子宮內膜異位癥的病灶。 如果為真正的子宮內膜異位癥，尤其在僅進行囊腫剝除的情況下，患者存在一定的復發概率。但保留子宮和卵巢后，此類患者可使用藥物進行長期維持治療，目前效果較為理想，持續用藥1-2年可以在很大程度上降低復發概率。但針對沒有手術的患者，不可進行試驗性用藥。 因此，對于病情較輕的患者通過術后積極的藥物治療，一般效果良好。