子宮內膜異位癥的手術在臨床上根據不同的位置，手術的方式有所不同，具體如下：1、卵巢局部的子宮內膜異位癥：若子宮內膜異位癥的病灶在卵巢局部形成巧克力囊腫，并且囊腫直徑已經＞4公分，臨床上考慮進行手術治療。一般對于此類情況，手術盡量保留卵巢，將巧克力囊腫輕輕給予剝離，進而達到治愈目的，并且在術后還要給予后續治療，主要是預防其復發的可能性；2、子宮肌層的子宮內膜異位癥：若子宮內膜異位癥的病灶在子宮肌層，引起子宮腺肌癥，通常需要切除子宮。需要根據病人的年齡、臨床癥狀，還要考慮病人是否有生育要求來決定術式。若病人有生育要求，就不可以做子宮切除手術治療，也可考慮上節育環來進行相應治療。若病人沒有生育要求且有明顯的臨床癥狀，使病人每個月都會出現非常嚴重的痛經，此時就可以考慮做子宮次全切除手術治療。此外，若病人的宮頸局部有病變，則需要做子宮全切手術來進行治療。