先天性膈疝一旦臨床確診，大部分病人都需要積極手術治療。手術禁忌癥主要涉及到病人手術的耐受能力問題，如果出現嚴重呼吸困難、血氧飽和度下降，不能耐受全身麻醉，或者本身合并有嚴重心肺先天性疾病、營養不良的患兒，不能夠耐受手術。當然排除以上手術禁忌的情況下，大部分患者確診以后還是建議通過積極手術治療。 先天性膈疝患兒通過積極手術治療以后，一般不會留下后遺癥。也有一些可能出現術后并發癥，主要表現為手術后疼痛、肌肉緊張、呼吸困難，也可以出現復位以后消化道出血表現，患者出現貧血或者反流性食管狹窄、吞咽困難，手術后導致嘔吐、肺不張、血氣胸、腸粘連，出現相應腸梗阻的表現。大部分病人通過積極治療以后，可以達到痊愈目的。