間質性肺疾病是較復雜的疾病，臨床診斷間質性肺疾病需根據患者病史、臨床癥狀、影像學檢查，結合HRCT，以及肺功能檢查，綜合判斷是否為肺部間質性疾病，明確診斷需根據肺活檢。隨著介入呼吸病學的發展，通過介入的方法也能達到診斷目的，如冷凍肺活檢，冷凍肺活檢指將冷凍探頭放入病變較明顯的部位，取組織做病理檢查，觀察間質性疾病類型，明確診斷。 臨床在診斷間質性肺疾病需考慮有無易感因素，如接觸職業性因素、粉塵、煤矽肺；是否使用過治療纖維化藥物；有無風濕性免疫性疾病，如類風濕性關節炎、系統性紅斑狼瘡引起相應的風濕性全身性疾病，而導致肺部間質性肺疾病。注意通過高分辨CT觀察有無磨玻璃影、纖維化、蜂窩肺等CT表現。觀察肺功能有無彌散下降，是否引起明顯的彌散功能障礙，最重要的診斷標準為病理肺活檢。