清潔灌腸通常是在直腸、乙狀結腸，在離肛門較近段的腸管進行。通常會給病人反復灌注生理鹽水，首先灌注500ml，保留3-5分鐘，甚至10分鐘，排泄以后，關注大便形狀。其次再進行灌腸，灌注500ml液體后讓病人轉化體位，加長保留時間，可以保留10-20分鐘。之后可以反復進行灌腸，直到灌進去的液體沒有明顯糞便即可。如果要做腸鏡或者腹腔手術，則不建議采取清潔灌腸，需要口服瀉藥，以進行腸道準備。