甲狀腺功能減退癥多為終身性疾病，需要長期口服藥物治療，以維持患者體內的甲狀腺激素水平，同時定期復查甲狀腺功能來調整藥物劑量。臨床上治療甲狀腺功能減退癥，主要使用人工合成的甲狀腺激素，一般不會造成副作用，也很少引起過敏反應。通常各項治療指標的正常是藥物維持的結果，檢查確定甲狀腺指標正常的情況下，也需要定時定量的堅持服用藥物，才能避免甲狀腺激素的分泌和合成量再度出現下降，從而對患者身體造成更大的損害。如果患者擅自停藥，會造成甲狀腺激素水平迅速下降，體內甲狀腺激素水平不足會出現食欲減退、水腫甚至甲減危象，危及患者的生命，尤其在懷孕期間，此時母體對甲狀腺激素的需求量增加，若補充不足，則會影響到胎兒的生長發育。