接種HPV疫苗后部分患者會出現發燒，屬于過敏表現。部分患者可能全身起皮疹，甚至出現感染中毒即過敏性休克表現，如呼吸困難等。由于疫苗內含有蛋白，部分患者可對蛋白產生過敏反應，但較為罕見。此類患者通常對其他物品也過敏，如對雞蛋過敏患者可能也會在接種疫苗后出現過敏反應。患者除發燒外，還可能出現局部刺痛感。注射HPV疫苗對于多數患者較安全，沒有特別副作用，但少數患者可能會出現不良反應。