接種任何疫苗都可能出現不良反應，手足口病疫苗接種后，也可能出現局部反應以及全身反應。局部反應主要表現出接種部位硬結、疼痛、腫脹、瘙癢等，多以輕度為主，持續時間往往不超過3天，可自行緩解。全身癥狀表現出發熱、腹瀉、食欲不振、惡心、嘔吐、容易煩躁不安等，為一過性表現。 手足口病疫苗同其它疫苗一樣，有疫苗特異性或接種者個體差異等因素，接種本疫苗人群不一定100%產生保護效果。引起手足口病的腸道病毒有很多種，EV71疫苗可刺激機體產生針對EV71病毒的免疫力，用于預防EV71感染所致的手足口病和相關疾病。但并不能夠預防其它腸道病毒，包括常見的柯薩奇A組病毒，以及通用型腸道病毒等感染所致的手足口病。