甲肝疫苗接種后的局部不良反應主要是接種部位一過性的疼痛、瘙癢，少數可能會出現紅腫、硬結及化膿等相對嚴重一些的不良反應，最常見的全身反應主要是發燒，體溫都是低熱，在37.1-37.5℃，多數會在24-48小時內消失，無需特殊治療。甲肝疫苗包括甲肝滅活疫苗和減毒活疫苗，均具有很好的安全性，大規模隨機對照研究顯示，這兩種甲肝疫苗接種后均沒有明顯的副作用，而且沒有出現明顯肝功能異常者。