如果臨床上懷疑是腦膜炎，腦膜炎若滲出比較明顯，腦脊液可增多，CT可觀察到兒童腦室擴張、蛛網膜下腔擴大，CT也能夠診斷患兒是否具有腦膜炎，對臨床提供診斷，故CT可診斷小兒是否存在腦膜炎。此外，結合患者腦脊液檢查，也能夠給臨床提供清晰診斷。 如果兒童懷疑腦膜炎，做核磁會更加明顯，因為核磁共振對腦膜炎診斷比較敏感，能夠看到信號在T2像上明顯增高，而且腦脊液明顯增多、腦室擴張、蛛網膜下腔也擴張明顯，從而診斷腦膜炎更加準確。在懷疑患兒有腦膜炎時，要選擇核磁共振檢查，CT對骨質破壞，如腫瘤導致骨質破壞，要比核磁會更加敏感，故各個檢查均有一定特點，而且是互為補充、相互印證關系。