神經性頭痛的原因和類型較多，有些通過腦CT能夠檢測出，而有些則檢測不出。偏頭痛屬于功能性的神經血管性頭疼，通過腦CT查不出來。由于腦內缺血、脫髓鞘樣改變和腫瘤等引起的神經性頭痛可以通過腦CT查出來。CT沒有MRI敏感，只能查出比較明顯的，如三叉神經瘤：在三叉神經區域能夠看到梭形或葫蘆狀的腫塊并且有囊變，增強以后除囊變區域以外明顯強化，可以通過手術治療。