卵巢子宮內膜異位囊腫是卵巢巧克力囊腫，將其切下送病理檢查可以發現囊壁存在子宮異位內膜覆蓋。子宮內膜隨著月經周期變化，每個月會出現月經來潮出血。如果內膜異位到卵巢，在經期出血時會有炎癥介質的釋放。因為卵巢沒有正常的生理腔道，囊液被包裹在囊腔里無法流出，血液經過一系列的化學反應后存在含鐵血黃素沉著，會變成像巧克力醬顏色的囊液。 所以子宮內膜異位囊腫也就是俗稱的巧克力囊腫，在臨床上比較容易復發，患者需要積極進行手術干預。