肺結核診斷以病原學檢查為主，病原學包括細菌學和分子生物學檢查，結合流行病學史、臨床表現、胸部影像、相關輔助檢查及鑒別診斷等，進行綜合分析做出診斷，以病原學、病理學結果作為確診依據。確診主要分為以下幾種情況： 1、痰涂片陽性：即兩次痰標本涂片抗酸桿菌檢查陽性；或一次痰標本痰涂片抗酸染色檢查陽性，同時具備典型肺結核影像學表現；或痰標本涂片抗酸染色檢查陽性，同時痰標本分枝桿菌培養陽性且鑒定為結核分枝桿菌； 2、僅分枝桿菌培養陽性：有典型的肺結核影像學表現，但抗酸染色檢查兩次都是陰性，而分枝桿菌培養陽性，且菌種鑒定為結核分枝桿菌； 3、分子生物學檢查陽性：有典型的肺結核影像學的表現，結核分枝桿菌核酸檢測陽性即可診斷； 4、肺組織病理學檢查陽性：通過穿刺或活檢取得肺組織進行病理學檢查，提示為結核。 如果無法通過痰細菌學檢查、核酸檢測和病理學檢查取得陽性結果，需要醫生根據患者的臨床表現、胸部影像學檢查及CT表現、免疫方面檢查，還有對消炎藥及結核藥治療反應等綜合判斷。