患者服用緊急避孕藥后發生宮外孕，可能是患者服用緊急避孕藥時處于排卵期，就是排卵之后或者是排卵期中服用緊急避孕藥。此時卵細胞已經排出，因此服用緊急避孕藥后，無法起到抑制排卵的作用，排出的卵細胞被輸卵管抓住，又與精子在輸卵管的壺腹當中相遇。正常情況下，如果輸卵管沒有炎癥，沒有吃緊急避孕藥，輸卵管纖毛按正常規律擺動，可能將受精卵擺到宮腔里面，有可能導致女性避孕失敗。但是部分患者可能是由于輸卵管的炎癥，或者服用緊急避孕藥，抑制輸卵管纖毛的蠕動，輸卵管里面有纖毛，正常情況會幫助受精卵向宮腔內運輸。但是吃緊急避孕藥以后，抑制蠕動作用，運輸能力減慢或者不運輸，可能直接在輸卵管內著床，于是就形成宮外孕，這種情況是服用緊急避孕藥以后比較棘手的一種情況。