試管胎停與自然懷孕胎停原因相同，具體原因有以下幾種：1、胚胎因素：胚胎是異倍體且染色體不正常，因為自然界的優勝劣汰而不能出生，可能出現胚胎停育、早期種植失敗以及生化妊娠，此時需要結束妊娠。如果異常的胚胎是畸形兒，則不建議繼續妊娠；2、母體因素：母體可能由于自身免疫性疾病或者血液高凝狀態，處于血栓前狀態或者母體存在原發基礎病，包括高血壓、糖尿病、甲狀腺功能異常，這些情況都容易導致胚胎停育或者不著床；3、其他原因：原因不明而導致反復多次胚胎停育，由于目前的醫學手段無法檢測。有可能是半自體移植的胚胎對自身不排斥，但可能對來自于父方有排斥作用，從而出現免疫的血栓前狀態，也有可能是其他原因。查明病因后可能需要調整免疫抑制劑、改善血液高凝狀態等藥物，通過這些方法改變妊娠的最后結局。