雙歧桿菌三聯活菌散在飯前和飯后服用都可以，說明書中并無明確規定。雙歧桿菌三聯活菌散為臨床常用的調節腸道菌群的制劑，顧名思義是三聯活菌制劑，其中包括雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌和糞腸球菌。作為活菌制劑，使用過程中需注意保存，因為高溫會導致其滅活，故需放在低溫、避光處保存。使用時也需注意避免用滾熱的開水沖泡，可用溫水送服，兒童也可用溫牛奶送服，但溫度不可超過40℃。此外還需注意不能與其他藥物聯用，如抗菌藥物，因為抗菌藥物可殺滅其中的活菌，影響療效。鞣酸類的成分、酊劑，即含乙醇的劑型，或較多的酒精也可影響其活性成分。