植物神經功能紊亂的治療藥物選擇，通常選用抗抑郁藥。抗抑郁藥不是單純的診治抑郁，是一類藥的總稱。名稱這樣叫，實際可以治很多種病，其藥理特點、化學結構對于很多種病是有效的，比如治療植物神經功能紊亂。植物神經功能紊亂背后的病理、生理改變，與神經遞質紊亂有關，而神經遞質紊亂的糾正，就可以通過抗抑郁藥來糾正。比如早期用的三環類、四環類抗抑郁藥，就可以去治療植物神經功能紊亂的癥狀。現在主流的SSRIs類，此種5-羥色胺再攝取抑制劑，包括了氟西汀、帕羅西汀、舍曲林、西酞普蘭、氟伏沙明，這五朵金花都可以在各種不同病人身上，很好地改善植物神經功能紊亂表現。但是某一個人應該選某一種藥，是需要醫生來明確。因為目前的治療原則叫個體化原則，因為每一個人生了同一個病，其表現、特點、癥狀嚴重程度不一樣，而每一個人藥的敏感性、安全性也不一樣。所以還是要去就醫，聽從專業人員指導，到底應該選用哪一種藥，去治療此問題。