孤立性直腸潰瘍治療需要具體問題具體分析，若為單純孤立性直腸潰瘍，沒有明確病因且潰瘍面較小，不影響患者生活質量，可以使用康復新液、蒙脫石散、谷氨酰胺等藥物，同時局部可以進行灌腸或栓劑治療。若孤立性潰瘍有明確病因，如病毒、細菌感染，可以使用抗病毒或抗菌藥物治療。 若孤立性直腸潰瘍已經出現嚴重癥狀，如肛周疼痛、便血，甚至引起排便習慣改變，嚴重影響患者生活質量，而且內科治療效果不佳，則需要考慮是否進行手術治療。根據具體情況隨時到醫院就診，由專業醫生根據孤立性直腸潰瘍的情況提供合理治療方案。