在懷孕早期，即3個月內，是胎兒心臟形成的關鍵時期，任何引起心臟發育停頓或者錯誤的因素都可以導致先天性心臟病。引起先天性心臟病的確切病因到目前為止還沒有定論，但是臨床認為是環境與遺傳因素及其他多因素共同作用的結果。 目前認為，先天性心臟病少數是由遺傳引起，比例大概為7%，大部分的散發病例與遺傳無關。遺傳因素可以分為染色體異常或者單基因遺傳、多基因遺傳。先心病有明顯的遺傳病特性，有很多與先天性心臟病相關的遺傳綜合征，比較常見的是唐氏綜合征，即21-三體綜合征、Turner綜合征、DiGeorge綜合征，即胸腺發育不良綜合征，以及威廉姆斯綜合征等。 外在因素中，比較重要的是宮內感染，特別是孕婦在懷孕早期感染，如風疹病毒感染，可以導致很嚴重的先天性心臟病。懷孕早期葉酸缺乏或者接觸放射線，懷孕早期服用各種藥物，如感冒藥或者抗癌藥、抗癲癇藥等，都有可能導致胎兒先心病。另外，母親有不良嗜好，如吸煙、酗酒，或有其它疾病，如糖尿病或者甲狀腺疾病等，都可以導致胎兒先天性心臟病的發生。