先天性心臟病有較多種類，不同病種或者不同類型的預后完全不同。部分先天性心臟病比如馬凡綜合征，可出現主動脈夾層，可出現急性心力衰竭或者惡性心律失常，生存時間可能會按天計算，屬于比較嚴重的先天性心臟病。部分患者心臟病長期無任何癥狀，患者快去世時做心臟檢查才發現有先天性心臟病，此類心臟病患者并沒有較多臨床表現，可能因為別的疾病去世，并沒有產生嚴重的副作用。如果先天性心臟病引起心力衰竭，評價五年生存率要根據心力衰竭的進展情況判定，對先天性心臟病已經有了手術治療，也大大提高了患者的生存率。