卵巢囊腫通常不影響懷孕，但巧克力囊腫通常會有35%-40%的人患有不孕。巧克力囊腫是盆腔子宮內膜異位癥的表現，而盆腔子宮內膜異位癥由于整個卵巢功能受損，盆腔炎癥介質存在等因素，大約有35%-40%的患者不容易懷孕。其它類型卵巢囊腫，如畸胎瘤、黏液性囊腫、漿液性囊腫，如果囊腫不是特別大，無扭轉、感染等，即使有囊腫的情況下，也可以懷孕。如果卵巢囊腫持續存在超過3個月，而且囊腫的直徑＞5cm，通常需要孕前把囊腫切除再懷孕。卵巢囊腫切除可能需要1-3個月才可以懷孕，并不影響懷孕進程。懷孕之前如果發現病理性囊腫，建議在懷孕前切除，可以明確性質，防止囊腫在懷孕期長大或者扭轉，孕期難以處理。