腦干堵塞的治療和腦梗塞的治療方法一樣，首選的是溶栓治療。因為腦干是大腦、脊髓和四肢連接的交通要道，里面有很多生命中樞，所以腦干堵塞的后果非常嚴重。急性腦干梗塞有綠色通道，如果是緊急狀態，首選的還是溶栓治療。如果治療較晚，超過4.5-6個小時，則用雙抗、抗凝、疏通微循環等方法進行治療。如果腦干梗塞的面積相對較小，不是大面積腦干梗塞，則有希望恢復。如果腦干梗塞的面積相對較大，兩側都有梗塞，則生命會受到威脅，這時病人的呼吸、心跳、意識都會受到很大影響，死亡率非常高。