體外沖擊波碎石治療是結石治療的重要組成部分，由于體外沖擊波碎石創傷小、可以在門診治療等優點，廣泛應用于結石的治療。體外沖擊波碎石治療雖然是個微創的治療手段，但是依然存在一些風險。風險主要包括結石的粉碎以及排出的情況，在排出的時候可能會形成腎絞痛癥狀。患者會感到局部的疼痛，在排出的過程當中，可能會有結石的殘留，甚至嚴重的時候會有結石石街的形成。這和適應證選擇的結石大小有較大的關系，所以腎結石治療適應證選擇一般是＜2cm的。對于鹿角形結石，形成石街的概率高達40%，這為后續的處理帶來困難。另外，就是感染的問題，在腎結石的碎石治療后可能會出現尿路的感染情況。嚴重的時候可能會出現膿毒血癥，要積極進行強有力抗生素治療以及引流尿液的處理。結石的損傷當中先是腎臟的損傷。腎臟的損傷包括腎臟包膜下的血腫以及腎臟破裂，甚至腎臟局部的瘢痕、纖維化形成，影響腎臟功能的問題。同樣可能會對周圍的器官形成損傷，比如消化系統的肝臟損傷和脾臟損傷、胰腺損傷等。在心血管方面也可能有負面的影響，一般不建議有心血管疾病的人行體外碎石治療。是否引起高血壓、糖尿病目前仍存在爭議，建議進一步的研究，總結這方面的資料。