小便結束有輕微痛感，常見原因如下：1、膀胱炎：患者發生泌尿系感染引起膀胱炎時，由于感染性致病菌刺激膀胱三角區和膀胱頸部黏膜，會出現膀胱黏膜水腫、糜爛和破損，導致排尿終末時出現尿痛癥狀；2、尿道結石：患者發生輸尿管結石碎石后，當結石排到后尿道時會出現排尿終末尿痛癥狀。患者出現上述癥狀時，需及時到泌尿外科就醫，通過泌尿系統彩超檢查，除外有無輸尿管結石、尿道結石，通過中段尿培養能找到致病微生物，選擇有效抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、左氧氟沙星片、頭孢克洛緩釋片等藥物，進行序貫治療4-6周左右。同時配合中成藥物，如八正膠囊、熱淋清顆粒進行治療，多數患者排尿后疼痛癥狀會明顯好轉。