伯基特淋巴瘤可發生于淋巴結結內，也可以發生結外器官。初始診斷時常見癥狀是淋巴結腫大或臟器侵犯，如肝脾和腹腔淋巴結腫大。在部分病例可以觀察到其它臟器轉移癥狀，兒童可以出現中樞神經系統侵犯癥狀，如頭暈、乏力、走路不穩、惡心、嘔吐。 骨轉移患者可以出現周身骨痛，或活動受限。兒童淋巴瘤常發生于回盲部或腹腔大淋巴結轉移，可以出現腹痛、腹瀉、便血癥狀。伯基特淋巴瘤疾病發生后，臨床分期較晚，中樞、骨侵犯，甚至骨髓侵犯均為常見部位。