一般來說甲狀腺囊腫不會惡化，大多數甲狀腺囊腫是良性病變。甲狀腺容易發生結節，這些結節有實性、囊性，也有囊實混合，囊性也就是囊腫，變成惡性腫瘤的可能性遠遠低于實性甲狀腺結節。部分甲狀腺囊腫在飲食、環境等多種因素作用下形成、部分囊腫是實性結節在演變的過程中變成囊性，如發生壞死液化，或者是出血，這樣的結節和一般囊腫不一樣，其可能是囊實混合的結節。對于囊實混合的結節，實性部分有惡變的可能。觀察囊腫是否會發生惡化，除了用B超來觀察之外，還可以做細針穿刺脫落細胞學檢查，在顯微鏡下看囊腫里含有的細胞，是否有惡性細胞，是比較準確的方法。如果是完全都是囊性、水性的液體囊腫，其惡化的可能性較低，可以通過超聲隨訪觀察。囊腫較小可不處理，囊腫較大可選擇手術切除。